2016年1月：学院诚信文化建设获得上海市“创新社会治理，深化平安建设”优秀案例奖。

2016年3月14-16日：由GDLN和AFDI联合主办的2016年全球发展学习网络亚太年会在学院举行。

2016年3月25日：学院会计专业学位授权点顺利通过全国会计专业学位研究生教育指导委员会专项评估，审计专业学位授权点顺利通过全国审计专业学位研究生教育指导委员会专项评估。

2016年5月25日：财政部部长助理赵鸣骥至学院调研建设和发展情况，并对学院落实“两个责任”及中央八项规定精神进行督导。

2016年5月：财政部党组决定，任命李扣庆为上海国家会计学院党委书记，刘勤为党委副书记兼纪委书记，卢文彬、易宏勋为党委委员。

2016年7月：经财政部人事教育司批准，学院内设机构调整为14个，分别为：教务部、研究生部、合作项目部、远程教育部、区域项目一部、区域项目二部、教研部、党委办公室（学院办公室）、纪委办公室、财务资产部、推广发展部、信息部、后勤部、财经研究所。

2016年8月18日：学院朱丹等六位教师、学员入选政府会计准则委员会第一届咨询专家。

2016年9月5-8日：财政部和亚洲开发银行主办、学院和亚洲开发银行独立评价局承办的首届“亚洲评价周”活动在西安举行。

2016年9月12日：学院与ICAEW联合主办“大数据重塑财务与审计”论坛。

2016年9月12日：英国伦敦金融城市长茅杰飞勋爵一行到访学院。

2016年10月25日：上海市科协和上海市教委授予学院上海市科学道德和学风建设宣讲教育“优秀组织单位”称号。

2016年11月10日：财政部、亚洲开发银行和亚太财经与发展学院联合举办的纪念亚行-中国合作三十周年论坛在学院举行。

2016年11月19日：学院、浪潮集团以及ICAEW三方联合主办的大数据与会计发展研究中心揭牌。