自2004年起，学院成为国内首批开展会计硕士专业学位教育工作的单位。2011年3月，国务院学位委员会授予上海国家会计学院专业硕士学位授予权（单位代码80402），自此，学院开始独立开展会计硕士专业学位MPAcc（代码为125300）、审计硕士专业学位MAud（代码为125700）人才培养工作。2014年5月、2018年3月，学院分别获批税务、金融硕士专业学位授权点，开始开展税务硕士专业学位MT（代码为025300）、金融硕士专业学位MF（代码为025100）人才培养工作。2017年9月，学院与上海财经大学启动合作培养会计学博士研究生项目。经全国会计专业学位研究生教育指导委员会认证，学院于2015年和2020年两度通过会计硕士专业学位教育质量认证（Accreditation for Accounting Professional Education Quality，简称AAPEQ），获评A级成员单位。2024年9月，学院获批增列为博士学位授予单位及审计博士专业学位授权点，开展审计博士专业学位（专业代码：125700）研究生招生、培养、学位授予工作。

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